南苑中学创建于1958年4月，原名为虬桥农业中学，借用虬桥中心校校舍上课。1959年9月，虬桥农业中学与朱桥乡新民农业中学合并，成立城西农业中学，校舍搬迁至胜利大队杨家生产队。1972年2月学校增设高中班。1972年4月学校改名为城西中学，校舍搬迁至嘉黄公路南、嘉黄公路二号桥东。1979年9月开办建筑中专班，于1983年7月毕业。1980年改名为嘉西中学，1981年高中部停办。1983年9月又开办农业技术职业班，1986年春季职业班毕业，学校成为初级中学。1988年8月学校搬迁至嘉定县嘉黄公路254号新校舍。嘉定工业区于1992年10建立后，于1995年8月建立南苑中学，当时的南苑中学、南苑小学在同一校舍，地址为嘉定区富蕴路281号。1997年2月嘉西中学与南苑中学合并，成立新的南苑中学，校舍为嘉定区嘉黄公路254号。